Der Name des Museums definiert sich durch seinen geografischen Standort. Der  Zusammenfluss beider Flüsse Rhône und Saône,  ist ein symbolischer  Ort im Großraum Lyon, der  seinen geschichtlichen Hintergrund aus Wissenschaft, Wirtschaft und Industrie mit dem erbauten Museum bestärkt. Das Gebäude symbolisiert eine Brücke  zwischen Vergangenheit und Zukunft.

Das österreichische Architekturbüro Coop Himmelb(l)au, erhielt im Jahr 2001 den Zuschlag für den Entwurf des Museums. Das surreal futuristisch anmutende, Gebäude wirkt wie eine Wolke aus Kristall das den Betrachter viel Raum für Interpretation lässt. Die 3mm dicken Edelstahl-Lochblech-Sonnenschutzlamellen und -Lüftungselemente wurden in Zusammenarbeit mit der Firma Dillinger Fabrik gelochter Bleche realisiert, welche als Kooperationspartner in Fragen Außenfassaden aus Lochblech eine der führenden in Europa ist.

Nach über einem Jahrzehnt  Planungs- und Bauphase wurde eines der größten Projekte der Stadt Lyon vollendet und am 14 Dezember 2014 feierlich eingeweiht. Es hat den nicht geringen Anspruch, mit mehr als zwei Millionen Ausstellungsstücken, globales Wissen mit dem Schwerpunkt  Naturwissenschaften, seinen Besuchern zu vermitteln.